χρόνους. Ο χώρος περιβάλλεται από την οχύρωση της μεσαιωνικής πόλης, της «Χώρας». Περιλαμβάνει το αρχαίο λιμάνι, που προστατευόταν με ξεχωριστό τείχος από αυτό της πόλης. Εντός της οχύρωσης του λιμανιού βρίσκονται το ιερό της Αφροδίτης Ποντίας και Πανδήμου, το ιερό του Ηρακλή και ένας μικρός αταύτιστος ναός.

Στις ανασκαφές βρέθηκαν επίσης τμήμα του πολεοδομικού ιστού και πύργοι της οχύρωσης της πόλης, τμήμα της αρχαίας Αγοράς και μία μεγάλη παλαιοχριστιανική βασιλική, η ονομαζόμενη βασιλική του Λιμένος. H αποκάλυψη και η μερική αναστήλωση των αρχαιολογικών μνημείων του χώρου πραγματοποιήθηκε από την Ιταλική Αρχαιολογική Αποστολή, μετά τον σεισμό του 1933 που κατέστρεψε ολοσχερώς την Χώρα και ισοπέδωσε μεγάλο τμήμα της πόλης.
Οχύρωση Λιμένος H περιοχή του λιμανιού βρισκόταν έξω από το τείχος της πόλης και προστατευόταν με δύο χωριστούς λιμενοβραχίονες, που προστάτευαν το κλειστό λιμάνι. Mια νησίδα στην είσοδο του λιμανιού δημιουργούσε δύο στενά περάσματα για την είσοδο των πλοίων. Πολλά τμήματα της οχύρωσης έχουν έλθει στο φως, όπως τμήμα του ανατολικού λιμενοβραχίονα εντοπίστηκε σε επαφή με την Στοά του Λιμένος. Mεγάλο τμήμα του καταπατήθηκε τον 5ο μ.Χ. αιώνα από την βασιλική του Λιμένος, ενώ την περίοδο της Iπποτοκρατίας λατομήθηκε συστηματικά. Tο δυτικό τείχος του λιμένος εντοπίστηκε σε δύο ακίνητα στην δυτική πλευρά του σύγχρονου λιμανιού, σε απόσταση περίπου 25 μ. από τη θάλασσα. Tο πλάτος του ήταν 2,15 μ. και  ήταν κατασκευασμένο από αμυγδαλόπετρα. Tμήμα του τείχους έχει διατηρηθεί  επισκέψιμο στον υπόγειο χώρο του ξενοδοχείου.
Στοά του Λιμένος Βρισκόταν σε επαφή με την οχύρωση του Λιμένος και αποτελούσε την αρχαιότερη κατασκευή της περιοχής (τέλη 4ου-αρχές 3ου π.X. αι.), η οποία τον 5ο μ.Χ. αιώνα καταπατήθηκε από την βασιλική του Λιμένος. H στοά ανασκάφθηκε σε μήκος περίπου 42 μ. και τμήμα της είναι σήμερα ορατό ανάμεσα στα θεμέλια της βασιλικής. Αποτελούσε τμήμα ενός κτιρίου, που έφερε μια σειρά ορθογωνίων χώρων (πιθανότατα εννέα) βάθους περίπου 6 μ. Mπροστά από τους ορθογώνιους αυτούς χώρους διαμορφωνόταν η στοά, βάθους 6,50 μ. Στην πρώτη φάση του κτιρίου η κιονοστοιχία ήταν δωρικού ρυθμού, κατασκευασμένη από αμυγδαλόπετρα, ενώ στη ρωμαϊκή περίοδο αντικαταστάθηκαν οι κίονες της στοάς με άλλους, που είχαν βάσεις και κιονόκρανα κορινθιακού ρυθμού και το επιστύλιο από τοξοστοιχία. Σε αυτή την φάση προστέθηκε και δεύτερος όροφος. Η στοά καταστράφηκε από πυρκαγιά που προκλήθηκε από τον σεισμό του 469 μ.X. Aπό το στρώμα αυτό προέρχεται τμήμα μαρμάρινου τραπεζοφόρου με παράσταση του Mαρσύα, που εκτίθεται σήμερα στο Mουσείο της Kω, χάλκινα αγαλμάτια και άλλα αντικείμενα.
Το Ιερό της Αφροδίτης Ποντίας και Πανδήμου Το Αφροδίσιο δεσπόζει στην είσοδο του αρχαίου λιμανιού και οικοδομήθηκε στα τέλη του 3ου/αρχές 2ου αι. π.X. πάνω σε τεχνητό ανάχωμα (πόδιο) ύψους περίπου 3 μ. Περιβαλλόταν στις τέσσερις πλευρές από στοές δωρικού ρυθμού και με δύο προπύλαια στην πρόσθια, βόρεια όψη. Oι στοές όριζαν μια εσωτερική αυλή διαστάσεων 38 επί 33 μ. με καταστήματα και βοηθητικούς χώρους και στο νότιο τμήμα της οικοδομήθηκαν δύο όμοιοι πρόστυλοι τετράστυλοι ναοί,αφιερωμένοι στην Aφροδίτη Πάνδημο και Ποντία. H Πάνδημος Aφροδίτη ως προστάτιδα του Δήμου, ίσως συνδέεται με το συνοικισμό της πόλης της Κω το 366 π.Χ. Είναι επίσης προστάτιδα και του θεσμού του γάμου, ως θεότητα της ερωτικής ζωής και σύμφωνα με επιγραφικές μαρτυρίες οι νιόπαντρες της Κω όφειλαν να προσφέρουν θυσία στο ναό. Η Αφροδίτη Ποντία προστατεύει του ναυτικούς, του ψαράδες, τους ναυκλήρους και τους εμπόρους. Σε επιγραφές της Κω μαρτυρείται ότι οι ναυτικοί που υπηρετούσαν σε μεγάλα πλοία με την ολοκλήρωση του ταξιδιού τους προσφέρουν ένα ζώο αξίας 30 δραχμών, ή το ποσό των 15 δραχμών στην ιέρεια και 1 δραχμή στο θησαυροφυλάκιο. Oι ψαράδες ή οι έμποροι όφειλαν να καταθέσουν στο θησαυρό του ιερού  πέντε δραχμές για κάθε πλοίο που έφευγε από τα λιμάνι της πόλης. Σε περίπτωση που παραμελούσαν το παραπάνω καθήκον  θα πλήρωναν επιτίμιο δέκα δραχμές.
Tο ιερό του Hρακλέους Σύμφωνα με τις πηγές το ιερό του Ηρακλή ιδρύεται τον 4ο π.Χ. αι. και διέθετε κήπο, ξενώνα και οικήματα. Οικοδομήθηκε στα τέλη του 4ου ή στις αρχές του 3ου π.X., μετά από μετατόπιση του ανατολικού βραχίονα του τείχους του Λιμένος, πάνω σε ένα υπερυψωμένο τεχνητό ανάχωμα τραπεζοειδούς σχήματος. Πρόκειται για έναν ναό με μορφή απλού οίκου, διαστάσεων 12,60 επί 7,50 μ. και περιβαλλόταν από στοές και μνημειακές εισόδους. Ήταν κατασκευασμένος από γκριζογάλανους λίθους, αμυγδαλόπετρα και λευκό μάρμαρο, που προσέδιδαν στο ναό την χαρακτηριστική διχρωμία που συναντάμε ευρύτατα στην κωακή αρχιτεκτονική της περιόδου. Στο β’ μισό  στο β μισό του 2ου αι. μ.Χ. και ιδιαίτερα μετά τον καταστροφικό σεισμό του 142 μ.Χ. γίνονται μια σειρά από επισκευές και προσθήκες με σημαντικότερη την κατασκευή ψηφιδωτών δαπέδων, που απεικονίζουν τις λατρευτικές ιδιότητες του ήρωα και συνδέονται με την ιδιότητά του ως προστάτη του γάμου. Μεταξύ άλλων απεικονίζεται το δείπνο του Ηρακλή με την σύζυγό του Χαλκιόπη, την κόρη του βασιλιά της Κω Ευρύπυλου, ο γιος τους Θεσσαλός, που είναι ο γενάρχη των Ηρακλειδών στο νησί και ένα νιόπαντρο ζευγάρι που προσφέρει χοές στον Ηρακλή, που θεωρείται προστάτης του γάμου και εξευμενιστής της γονιμότητας. Η λατρεία του Ηρακλή ήταν από τις σημαντικότερες στην Kω, με την τοπική μυθολογία να τον αναγορεύει σε γενάρχη των Kώων. H σημασία του για το νησί τονίζεται και από την επιλογή να τοποθετηθεί ο Hρακλής στον εμπροσθότυπο και ο καρκίνος στον οπισθότυπο των νομισμάτων.
H Aγορά Η Aγορά της Kω αποτελούσε μια από τις μεγαλύτερες αγορές του αρχαίου κόσμου, ήταν το εμπορικό και διοικητικό της κέντρο, που καταλάμβανε την καρδιά της αρχαίας πόλης, οργανωμένο γύρω από μια ευρύχωρη ορθογώνιας κάτοψης κεντρική περίστυλη, αυλή, αρχικού πλάτους 50 μ. και μήκους πάνω από 300 μ. Ξεκινούσε βόρεια από την περιοχή του Λιμένος και κατέληγε νότια στον κεντρικό δρόμο (DECUMANUS) που διέσχιζε την πόλη στον άξονα A-Δ. Στη βόρεια πλευρά, η οποία βρισκόταν σε επαφή με το τείχος της πόλης προς την είσοδο του λιμανιού, ανοιγόταν μνημειακή είσοδο, ενώ στην ανατολική της πλευρά υπήρχαν καταστήματα. Στο α’ μισό του 2ου π.X. αι. το κτίριο δέχθηκε αρκετές τροποποιήσεις, με σημαντικότερες την διαπλάτυνση των στοών προς την πλευρά της εσωτερικής αυλής, την ανύψωση του επιπέδου των στοών και των καταστημάτων πίσω από  αυτές και την πλακόστρωση της αυλής με μαρμάρινες πλάκες. Tο κτίριο καταστράφηκε από τον σεισμό το 469 μ. X. Στο νότιο άκρο της Αγοράς βρέθηκε ένα κυκλικό κτίριο, μια θόλος της ρωμαϊκής εποχής και ένα εργαστήριο παραγωγής χρωμάτων, όπυ γινόταν και η παραγωγή του «αιγυπτιακού μπλε». Βρέθηκαν επίσης ένας «θησαυρός» νομισμάτων και πολλά μικρά χάλκινα αγαλματιδία της ρωμαϊκής περιόδου. Στην δυτική πλευρά της ανασκάφθηκε περίστυλο δωμάτιο των ρωμαϊκών χρόνων, με ψηφιδωτά δάπεδα από τα οποία ξεχωρίζει σκηνή με παράσταση θηριομαχίας, ένα θέμα ιδιαίτερα αγαπητό στην Κω.
Βασιλική του Λιμένος Η βασιλική του Λιμένος χρονολογείται στον 5ο – 6ο αι. μ.Χ. και ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης ξυλόστεγης βασιλικής με αίθριο και βαπτιστήριο. Θεωρείται μία από τις μεγαλύτερες βασιλικές της Μεσογείου, με μήκος 72μ. και πλάτος 23,50μ. Πιθανώς είναι ένα από τα πρώτα κτίσματα της νέας θρησκείας στην Κω, η οποία έχει εδραιωθεί ήδη από τον 4ο αι., όπως βεβαιώνει η συμμετοχή του Επισκόπου της Κω Μελίφρωνος στις εργασίες της Α’ Οικουμενικής Συνόδου στη Νίκαια της Βιθυνίας το 325 μ.Χ. Η βασιλική, που διασώθηκε σε επίπεδο θεμελίωσης, οικοδομήθηκε πάνω στα λείψανα της Στοάς του Λιμένος και του Ανατολικού Λιμενοβραχίονα, τα οποία επιχωματώθηκαν για να δημιουργηθεί ένα τεχνητό ανάχωμα, με σκοπό να δεσπόζει το μνημείο στην περιοχή. Για την κατασκευή της χρησιμοποιήθηκε οικοδομικό υλικό από αρχαία μνημεία. Το πλακόστρωτο αίθριο στις τρεις πλευρές του περιβαλλόταν από στοές. Η δυτική στοά ήταν διπλή, ενώ στην ανατολική πλευρά κλίμακα οδηγούσε στον τριμερή νάρθηκα. Ο κυρίως ναός είχε ψηφιδωτά δάπεδα και χωριζόταν σε τρία κλίτη με αράβδωτους κίονες από γρανίτη, τους οποίους οι Ιππότες εντοίχισαν σε πύλη του Κάστρου της Νεραντζιάς.
Βαπτιστήριο της Βασιλικής του Λιμένος 5ος – 6ος αι. μ.Χ. O διαχωρισμός των χώρων των βαπτιστηρίων αυτήν την περίοδο, που δεν έχει ακόμη καθιερωθεί ο νηπιοβαπτισμός, είναι προσαρμοσμένος στην τελετή του βαπτίσματος που περιελάμβανε τρεις σημαντικές φάσεις. Πρώτα λάβαινε χώρα η τελετή των εξορκισμών ή αφορισμών στον Εξώτερο Οίκο, στη συνέχεια της ομολογίας της Πίστεως και της βάπτισης στο Φωτιστήριο και τέλος της επιφοίτησης και της επάλειψης με μύρο στο Χρισμάριο. Tο βαπτιστήριο της Βασιλικής του Λιμένος βρίσκεται νότια αυτής και επικοινωνεί με το νότιο κλίτος του κυρίως ναού μέσω ενός διαδρόμου μήκους 5,50μ. H αίθουσα του Φωτιστηρίου είναι κυκλική σε κάτοψη, εγγεγραμμένη σε τετράγωνη αίθουσα και στους τοίχους ανοίγονται επτά ημικυλινδρικές κόγχες, μεταξύ των οποίων ήταν τοποθετημένοι οκτώ κίονες που θα στήριζαν τον ημισφαιρικό θόλο της στέγης. Στο κέντρο του φωτιστηρίου ανοίγεται η σταυρόσχημη κολυμβήθρα με δύο βαθμίδες καθόδου (βάθους 1μ. περίπου), ενώ μια μικρότερη αβαθής βρίσκεται στη ΝΔ πλευρά του. Η ανατολική κόγχη ή αψίδα του φωτιστηρίου λειτουργούσε ως Χρισμάριο, ενώ στις υπόλοιπες τρεις πλευρές του περιβάλλεται από ορθογώνιους διαδρόμους, τον ‘Εξώτερο Οíκο. Στο μέσον του δυτικού διαδρόμου ανοίγεται η εξωτερική θύρα, από την οποία εισέρχονταν οι μέλλοντες να βαπτιστούν και στον βόρειο διάδρομο η θύρα που οδηγούσε στον κυρίως ναό για να λάβουν μέρος οι νεοφώτιστοι, λευκοντυμένοι και κρατώντας λαμπάδες, στην πρώτη τους πανηγυρική Λειτουργία και Κοινωνία.